La fístula anal puede ser aguda como un absceso con dolor severo, repentino y permanente. También puede resultar en una descarga de pus a través del absceso. «La fiebre y los escalofríos son raros al principio, pero pueden producirse rápidamente en caso de absceso intramural».
La fístula anal también puede ser crónica. «Se manifiesta entonces en forma de un orificio cutáneo secundario con una secreción purulenta y/o serohemorrágica, que mancha la ropa y provoca una irritación local con prurito. Esta descarga puede ser permanente o intermitente».
El absceso se manifiesta por la aparición de una pequeña bola roja, muy inflamable, que aparece alrededor del ano. Esta hinchazón es muy dolorosa, impidiendo que el paciente se siente. Puede ir acompañado de fiebre. La fístula no causa dolor y suele revelarse por una descarga permanente de pus alrededor del ano. La aparición del dolor indica la formación de un absceso en el margen anal. Este absceso puede aclararse por sí solo y el dolor desaparecerá espontáneamente. Pero, más o menos rápidamente, se producirá un nuevo e idéntico empuje.
El examen clínico encuentra una pequeña bola alrededor del ano, de la cual fluye el pus. Muy a menudo, el paciente presenta una pequeña cicatriz, testigo de la anterior incisión de un absceso. A veces la palpación de la zona alrededor del ano revelará un pequeño cordón duro que corresponde a la trayectoria de la fístula.
En la mayoría de los casos, no se puede encontrar ningún camino en el examen clínico y se requiere cirugía para encontrar este camino. Por último, en ciertos casos difíciles de fístulas muy profundas o recurrentes, será necesario realizar exámenes radiológicos adicionales (resonancia magnética de la pelvis).